1. Создайте структуру подразделений, разбив ее на нужные филиалы (Справочники - Подразделения).
2. Создайте проходные для каждого филиала (Справочники - Справочники доступа - Справочник проходных). Укажите связанное с проходной подразделение и поставьте отметку "Загружать сотрудников только выбранного подразделения".
3. Если на терминалы уже были загружены все сотрудники, зайдите в конфигуратор устройств и произведите полное обновление устройств. (Устройства-Обновить все устройства-Полное обновление).
4. Если сотрудник может работать в нескольких филиалах, то в списке сотрудников ему необходимо указывать "Дополнительные подразделения", тогда помимо своего терминала он будет добавляться на все терминалы, связанные с этими подразделениями.