1. Первое, что нужно сделать - это создать для этих сотрудников отдельный профиль учета рабочего времени. "Справочники - Учет рабочего времени - Профили учета рабочего времени". Нажмем кнопку "Добавить профиль" и создаем новый профиль с названием, к примеру, "ночные".

2. У данного профиля в настройках нужно снять галочку "Первая регистрация за день считается приходом" (как раз она отвечает за автоматическое закрытие сотрудников, числящихся на работе после полуночи). Устанавливаем вместо нее галочку "Приход, если после последней регистрации прошло" и указываем ниже количество часов равное продолжительности смены с запасом час-два. В нашем случаем 14. "Время автоматическое закрытия" ставим, к примеру, 12. Это означает, что если сотрудник пришел в 20:00 и уходя забыл отметиться, программа поставим ему уход на 08:00 (20:00 + 12 часов).

3. Созданный профиль учета рабочего времени нужно присвоить нужным сотрудникам. Сделать это можно через групповые операции или в списке сотрудников на закладке "Доступ", как показано на рисунке ниже.